Es que se supone que la carrera te da simplemente una base generica del asunto para poder trabajar luego de lo que sea. Esto pasa en todas las carreras. Es imposible abarcar todo y cambiar los planes de estudio cada 10 años según el framework o tecnología que este de moda en ese momento.
El que quiera investigar como tú dices, tiene abierta la opción de hacer un doctorado, cuyo objetivo es precisamente ese, investigar y especializarse desde un punto de vista más científico/formal.
El 80% de lo que ves no te sirve en el día a día, correcto. Yo nunca he hecho una normalización de una BBDD a mano en 10 años. Pero se lo que es y para que hace falta, que es lo importante.
La mayoría de FPeros tienen más práctica cuando salen, pero tienen un recorrido mucho más limitado salvo que aprendan por su cuenta un montón de cosas.
Esto de nuevo es aplicable a todas las carreras, teniendo buena base luego pillas rápido el resto, al revés es mucho más difil.