Ves como no os rueda el cerebro?
Si por una mutación le sale otro ojo, no hay evolución, porque ya tenia ojos de antes, lo que hay es lo mismo pero en más cantidad, y ese tipo de mutaciones suelen ser recesivas.
En el segundo caso, la única forma de que le salgan branquias a una persona es que se le haya pegado genetica de un animal con branquias, porque lo que no va a pasar es que todo el código genético que se requiere para que un animal tenga branquias le salga a un tipo por casualidad, eso no pasa ni en un millón de años de mutaciones en chernovil.
Simplemente no hay ningún mecanismo que pueda generar órganos nuevos en un ser vivo, puede haber cambios en lo que ya tiene: tamaño, tonalidad, etc. pero no se va a generar un órgano nuevo porque eso requiere muchas instrucciones en el código de ADN.