No hay que ser tan negativo porque para las empresas que tienen asuntos recurrentes demandar a la Administración o al Ayuntamiento de su ciudad etc no es algo inusual, pasa como una cosa más del negocio y muchas veces se gana y a veces se pierde, es lo normal, no hay que ir con la mentalidad de poner siempre el ojo ciego porque luego nos represalian porque así no se va a ninguna parte. Esa mentalidad estaba antes pero ya no.
Otra cosa es que te tienen que explicar bien el tema para que no te hagas falsas expectativas de lo que "tienes derecho" y otra cosa incluso es que el cliente lo entienda porque hay cosas que no les entran en la fruta cabeza y ya.
Por ejemplo lo que has dicho es justo lo contrario, las licencias urbanísticas son un ACTO REGLADO no es una potestad del Ayuntamiento, esto quiere decir que el Ayto. solo verifica si cumples los requisitos y si los cumples te lo tienen que dar necesariamente, no pueden denegártela si cumplen los requisitos. Las licencias es el ejemplo paradigmático de lo contrario a una "potestad" o el ejercicio de un poder discrecional o graciable etc. Pero claro la gente eso puede no entenderlo y hacerse falsas expectativas.
Que son unos me gusta la fruta y unos inútiles por supuesto ahí te doy la razón, y una mala experiencia a la gente le puede jorobar bastante y hacerlo pesimista, pero eso es lo que hay cuando una pleitea, aunque tenga la razón puede perder, lo importante es estar bien informado para decidir y valorar los costes, riesgos etc. Y ojo, entre esos "riesgos" también está el de ser represaliado como tú dices, que puede pasar según el contexto, no estoy diciendo que esto son los mundos de la piruleta y que esas cosas no pasan, pero no pasan siempre y no pasan como antes.