Primero, no eran especies diferentes, sino razas o, como mucho subespecies. Los contactos sensuales debieron ser rarísimos, no hacen falta para explicar el ADN compartido.
No creo en guerras como tales. Para que haya una guerra tiene que haber un conflicto por el territorio y sus recursos, lo que está ligado a una economía agrícola. En el caso de sociedades cazadoras-recolectoras con baja densidad de población lo más probable es que los dos grupos rivales no llegaran a encontrarse cara a cara nunca. La situación más normal sería la siguiente: haces tu viaje anual para interceptar el paso migratorio de los renos en un punto en el que ya sabes que es fácil montar una emboscada. Llegas y resulta que, en vez de los miles que esperabas, aparecen cuatro renos mal contados. ¿Por qué? Pues porque otro grupo de humanos los ha interceptado unas decenas de kilómetros antes y los ha esquilmado aprovechándose de su superior tecnología, espantando al resto. Pero eso tú no lo sabes, sólo sabes que ese año ha desaparecido una fuente de alimento con la que contabas y que el invierno pinta tonalidad de hormiga. Te toca emigrar y buscarte la vida en otro sitio.
Eventualmente, al final de este proceso sí que podrían haberse alcanzado densidades de población altas en las tierras de las penínsulas del sur de Europa, donde se acumularían los grupos desplazados por la competencia. Ahí sí que podrían haberse dado enfrentamientos bélicos, pero siempre serían pocos y de escasa entidad porque, al revés que en las sociedades agrícolas, siempre existe la alternativa de marcharse y evitar la guerra.