Las seis áreas básicas de coordinación entre los mandos principales de la OTAN y el JEMAD español, acordadas en la primera mitad de la década de los 90, fueron las siguientes: preservar la integridad del territorio español; defensa aérea de España y sus áreas adyacentes; defensa y control del Estrecho de Gibraltar y sus accesos; operaciones navales y aéreas en el Atlántico oriental; operaciones navales y aéreas en el Mediterráneo occidental; y provisión de territorio e instalaciones para recepción y tránsito de refuerzos y apoyo logístico, aéreo y marítimo.
Finalmente, el 8 de septiembre de 1995 España se adhirió al Protocolo de París que establece el Estatuto de los Cuarteles Generales Militares Internacionales (SOFA).
En diciembre de 1995, Javier Solana Madariaga, Ministro de Asuntos Exteriores de España, fue elegido Secretario General de la Alianza, noveno en la historia de la OTAN y primer español que ostenta este cargo.