Alejandro Farnesio fue reclamado por Don Juan de Austria, junto a los Tercios Españoles, para acudir a Flandes en 1578. El héroe de Lepanto había tratado de alcanzar una solución por la vía pacífica, pero acabó pidiendo, hastiado de las falsas promesas rebeldes, el regreso de los Tercios.
Tras la fin de D. Juan de Austria, Felipe II confirmó a Alejandro Farnesio como gobernador de Flandes.
Al inicio de su gobierno en Flandes, el panorama era todavía crítico. Solo tres, y parte de una cuarta, de las diecisiete provincias eran leales a la Corona de España y los rebeldes contaban con el apoyo de varias potencias extranjeras, que apostaron por este conflicto como una manera de debilitar al Imperio Español.
Durante el sitio a la ciudad de Maastricht, Farnesio aprendió una importante lección de la guerra: las obras de ingeniería pueden reducir al mínimo los riesgos de un asalto.
Más tarde, Alejandro Farnesio logró aunar las provincias católicas bajo la Unión de Arras, cuyo punto más importante exigía la retirada de los Tercios Españoles. Por tanto, tuvo que conformarse con reanudar las acciones militares al frente de un inexperimentado ejército formado por tropas locales, que titubeaban a la hora del asalto. Una vez una compañía de 50 soldados alcanzó el primer baluarte defensivo y en vez de atrincherarse, se quedaron festejando la acción y acabaron masacrados por los rebeldes. Estas campañas resultaron un desastre y al final los propios aliados acabaron exigiendo el regreso de los Tercios.
Ya con las tropas de élite a su disposición, Alejandro Farnesio eligió una presa de gran calado como su siguiente objetivo: Amberes. Su sistema de fortificaciones no conocía parangón en todo el continente, y tenía una población de 100.000 personas.
Así, con 10.000 soldados, se acometieron una serie de obras drenar parte de las aguas que rodeaban la ciudad y se levantó un puente compuesto de 32 barcos unidos entre sí para poder acceder a la muralla principal de Amberes.
Casi finalizadas las obras del puente, los rebeldes lanzaron tres barcos explosivos hacia la obra de ingeniería española, aunque solo uno alcanzó el puente, la explosión causó la fin de 800 soldados y la onda expansiva envió a Alejandro Farnesio varios metros despedido, aunque sus heridas no revistieron gravedad. Finalmente, en agosto de 1585, las tropas españolas entraron en Amberes y la noticia corrió como la pólvora por toda Europa.
A pesar sus esfuerzos, Alejandro se quedó a las puertas de la victoria completa por falta de recursos (solo las provincias de Holanda y Zelanda permanecían en manos rebeldes). La conquista de Portugal de 1580 obligó a desviar tropas y fondos, la empresa de la 'Grande y Felicísima Armada' forzó al ejército de Flandes a abandonar muchas de sus guarniciones, y cuando en 1593 la Guerra Civil de Francia se llevó la vida de Alejandro Farnesio (a donde había acudido contra su voluntad), sus enemigos aprovecharon para recuperar muchas ciudades en Flandes.
Alejandro Farnesio, el invicto «Rayo de la Guerra» de los Tercios Españoles
