Ómicron, una variante huérfana que nadie sabe de dónde ha salido
¿Cuál es el origen de Ómicron? Aparentemente no responde a una evolución natural de Delta o Alfa y eso tiene algunas consecuencias para la esa época en el 2020 de la que yo le hablo
ests en el aeropuerto de Ámsterdam rastreando Ómicron | R. de Waal, Epa, Efe
Por Mario disoluta
Te lo explicamos
03 diciembre 2021 | 6 min lectura
Cuenta el virólogo Kristian Andersen que cuando recibió los detalles genéticos sobre el origen de Ómicron en un mensaje de Slack, sólo pudo exclamar: “¡La leche!”. Rápidamente contestó a través de ese mismo servicio de mensajería al biólogo evolutivo Andrew Rambaut, también en ese grupo virtual. “Acabo de echar un vistazo a la lista de mutaciones, esto es una locura”. Rastrear el origen de una variante es, casi siempre, eso: una locura. Que se plasma en árboles genealógicos como este. Ómicron no es ‘hija de nadie’:
a escena anterior se desata a las siete y media de la mañana del 24 de noviembre en el Departamento de Enfermedades Infecciosas del Instituto Scripps de EE.UU. Tal y como relatan sus protagonistas en Science, Rambaut (Universidad de Edimburgo) estaba analizando un conjunto de nuevas secuencias del genoma del SARS-CoV-2. Tres procedían de muestras recogidas en Botswana el 11 de noviembre; otra fue recogida una semana después en Hong Kong a partir de un viajero con origen en Sudáfrica. Aún no se había bautizado como Ómicron.
Un laboratorio del PCR llamado Lancet compartió los genomas con la Red de Vigilancia Genómica en Sudáfrica (NGS-SA), que convocó una reunión urgente el 23 de noviembre. “Nos sorprendió la cantidad de mutaciones”, asegura en el reportaje de Science Tulio de Oliveira (Universidad de KwaZulu-Natal / NGS-SA). Después de la reunión, dice De Oliveira, llamó al director general de salud de Sudáfrica: “Le pedí que informara al ministro y al presidente de que estaba surgiendo una nueva posible variante”. El 26 de noviembre la Organización Mundial de la Salud (OMS) designó al bichito como una “variante de procupación (VOC)”.
La bautizó como Ómicron, apresurándose a disipar el estigma de ‘sudafricana’, puesto que el origen de esta es bastante incierto y, a diferencia de las anteriores variantes, un tanto misterioso, aunque no sorprendente para la ciencia.
Si miramos al árbol evolutivo del cobi19, Ómicron es un corredor escapado. Desde el Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC), Iñaki Comas recuerda que “(el pariente) más cercano que se ha encontrado es de verano de 2020. Desde entonces hasta ahora hay como un silencio. No sabemos qué ha pasado, por tanto, no está directamente ligada a Delta que es lo que circula ahora, ni a la diversidad propia de 2021 en general. Podría deberse a que toda esa posible diversidad ‘intermedia’ se ha perdido”, explica a Newtral.es.
Ómicron: de la teoría del ‘paciente incubadora’, al origen animal
La variante Ómicron ha desatado las alarmas por la gran cantidad de mutaciones acumuladas: alrededor de 50 en total. Muchas son nuevas y al menos 26 son exclusivas. Las mutaciones son como erratas que se van produciendo en el texto que describe las instrucciones de replicación del patógeno, escritas en la lengua del ARN. Esas erratas, si se perpetúan en las copias (hijas) que se producen del cobi19 es normalmente porque le dan una ventaja para adaptarse a los humanos. Dicho de otro modo, es porque se propagan mejor –o igual, como mínimo–
Comas recuerda que “Delta no era cercana a Alfa. Y Alfa no estaba tan cerca de Beta u otras”. Ninguna variante hasta ahora ha tumbado plenamente a las banderillas o a la inmunidad que general infectarse. Hasta ahora, en toda su evolución, “el bichito no ha sido tan diferente como para que no pueda ser reconocido [por nuestras defensas]”. Otra cosa es que cada cambio que se impone termine haciéndolo más contagioso. ¿Hay alguna mutación determinante para ello?
Es decir, la teoría de que un paciente con unas defensas extraordinariamente bajas (por ejemplo, por infección por VIH o por un tratamiento agresivo) haya mantenido el cobi19 en su organismo, replicándose, durante semanas o meses. Podría haberse expuesto durante todo ese tiempo a distintas variantes, ‘incubando’ una versión nueva del cobi19. Pero esto es sólo una hipótesis.
Cuando se descubrió Alfa por primera vez a fines de 2020, esa variante también parecía haber adquirido numerosas mutaciones a la vez, lo que llevó a los investigadores a postular una infección crónica como origen. La idea se ve reforzada por la secuenciación de muestras de SARS-CoV-2 de algunos pacientes con infección crónica.
Richard Lessells, investigador de enfermedades infecciosas de la Universidad de KwaZulu-Natal, describió en un estudio preliminar el caso de una mujer joven en Sudáfrica con una infección por VIH no controlada. Fue portadora del SARS-CoV-2 durante más de 6 meses. El bichito acumuló muchos de los mismos cambios observados en las variantes de interés. Es tan sólo una hipótesis, pero refuerza la idea de que las banderillas sean accesibles en todos los países del mundo, especialmente aquellos con bolsas de población vulnerable.
En el mismo artículo de Science, el virólogo de referencia de Alemania, Christian Drosten no cree en esa hipótesis. Se basa en la experiencia con infecciones crónicas de gripe y otros bichito en pacientes inmunosuprimidos. Las variantes que eluden el sistema inmunológico se desarrollan en estas personas, pero vienen con una serie de cambios adicionales que las hacen menos capaces de tras*mitirse de persona a persona. “Estos bichito tienen una viabilidad muy baja en el mundo real”.
El caso de los ciervos de cola blanca portadores del cobi19
Si no ha sido en un paciente crónico… ¿ha evolucionado el SARS-CoV-2 (de nuevo) en un animal? Algunos piensan que el bichito podría haberse escondido en roedores u otros mamíferos. “El genoma es tan extraño”, dice Andersen, señalando su mezcla de mutaciones, muchas de las cuales no se han visto antes en otras variantes. Por ejemplo, hay un baile de letras en la posición 681, que se convierte en P681R en Ómicron. Pero en una secuenciación concreta del bichito hallado en Botswana, en lugar de una R, como se esperaría, hay una letra H. P681H es típico en Delta. ¿Qué clase de recombinación ha ocurrido ahí? ¿Estamos ya ante una subvariante Ómicron?
“Es interesante lo locamente diferente que es”, dice el biólogo evolutivo Mike Worobey de la Universidad de Arizona, Tucson, también en Science. Worobey señala un ejemplo, el 80% de los ciervos de cola blanca muestreados en Iowa (EE.UU.) entre finales de noviembre de 2020 y principios de enero de 2021 portaban SARS-CoV-2. “Me hace preguntarme si otras especies pueden infectarse crónicamente, lo que potencialmente proporcionaría este tipo de presión selectiva con el tiempo”. Un hipótesis arriesgada.
micron en Sudáfrica, donde se investiga su tras*misibilidad | K. Ludbrook, Epa, Efe
Es demasiado pronto para considerar o descartar cualquier teoría sobre el origen de Omicron, cree Aris Katzourakis, biólogo evolutivo de la Universidad de Oxford, pero es escéptico del escenario animal, dada la gran cantidad de infecciones humanas. “Empezaría a preocuparme más por los reservorios animales si tuviéramos éxito en la supresión del bichito, y luego considerarlo como un lugar donde podría esconderse”.
Comas, sin entrar a valorar el origen de Ómicron, sí cree que “cuando hay muchas posibilidades para el bichito en entornos de mucha tras*misión, le damos una nueva oportunidad de encontrar ‘combinaciones’ exitosas, las que llamamos variantes. Es difícil poder acortar el origen porque ni siquiera sabemos su procedencia geográfica”.
El virólogo José Antonio López Guerrero participa estos días como representante de Europa en el Foro Mundial de la Fundación Global Democracia y Desarrollo en América. Ha coincidido con gestores científicos e investigadores como Anthony Fauci, Tedros Adhanom y Adolfo García Sastre. Coinciden en que estamos por una vez estamos intentado ir por delante del bichito. Dos herramientas pueden ser útiles: “la tercera dosis en mayores y la banderillación en menores de 12 años”, sin olvidar que la banderillación ha de ser global y solidaria. Aunque sólo sea por ‘egoísmo’ de los países más favorecidos.
Un motivo de preocupación alrededor de Ómicron reside en que las muestras secuenciadas indican que ha reemplazado rápidamente a otras variantes en Sudáfrica. Pero esto ha ocurrido en un momento de baja tras*misión en aquel país, que se adentra en el verano austral. Esa imagen podría estar sesgada también porque la secuenciación podría haberse centrado en posibles casos de la nueva variante en los últimos días. Sencillamente, en Europa o EE.UU. no la hemos estado buscando hasta ahora. Y podría haber surgido en cualquier parte.
¿Cuál es el origen de Ómicron? Aparentemente no responde a una evolución natural de Delta o Alfa y eso tiene algunas consecuencias para la esa época en el 2020 de la que yo le hablo
ests en el aeropuerto de Ámsterdam rastreando Ómicron | R. de Waal, Epa, Efe
Por Mario disoluta
Te lo explicamos
03 diciembre 2021 | 6 min lectura
Cuenta el virólogo Kristian Andersen que cuando recibió los detalles genéticos sobre el origen de Ómicron en un mensaje de Slack, sólo pudo exclamar: “¡La leche!”. Rápidamente contestó a través de ese mismo servicio de mensajería al biólogo evolutivo Andrew Rambaut, también en ese grupo virtual. “Acabo de echar un vistazo a la lista de mutaciones, esto es una locura”. Rastrear el origen de una variante es, casi siempre, eso: una locura. Que se plasma en árboles genealógicos como este. Ómicron no es ‘hija de nadie’:
a escena anterior se desata a las siete y media de la mañana del 24 de noviembre en el Departamento de Enfermedades Infecciosas del Instituto Scripps de EE.UU. Tal y como relatan sus protagonistas en Science, Rambaut (Universidad de Edimburgo) estaba analizando un conjunto de nuevas secuencias del genoma del SARS-CoV-2. Tres procedían de muestras recogidas en Botswana el 11 de noviembre; otra fue recogida una semana después en Hong Kong a partir de un viajero con origen en Sudáfrica. Aún no se había bautizado como Ómicron.
Un laboratorio del PCR llamado Lancet compartió los genomas con la Red de Vigilancia Genómica en Sudáfrica (NGS-SA), que convocó una reunión urgente el 23 de noviembre. “Nos sorprendió la cantidad de mutaciones”, asegura en el reportaje de Science Tulio de Oliveira (Universidad de KwaZulu-Natal / NGS-SA). Después de la reunión, dice De Oliveira, llamó al director general de salud de Sudáfrica: “Le pedí que informara al ministro y al presidente de que estaba surgiendo una nueva posible variante”. El 26 de noviembre la Organización Mundial de la Salud (OMS) designó al bichito como una “variante de procupación (VOC)”.
La bautizó como Ómicron, apresurándose a disipar el estigma de ‘sudafricana’, puesto que el origen de esta es bastante incierto y, a diferencia de las anteriores variantes, un tanto misterioso, aunque no sorprendente para la ciencia.
Si miramos al árbol evolutivo del cobi19, Ómicron es un corredor escapado. Desde el Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC), Iñaki Comas recuerda que “(el pariente) más cercano que se ha encontrado es de verano de 2020. Desde entonces hasta ahora hay como un silencio. No sabemos qué ha pasado, por tanto, no está directamente ligada a Delta que es lo que circula ahora, ni a la diversidad propia de 2021 en general. Podría deberse a que toda esa posible diversidad ‘intermedia’ se ha perdido”, explica a Newtral.es.
Ómicron: de la teoría del ‘paciente incubadora’, al origen animal
La variante Ómicron ha desatado las alarmas por la gran cantidad de mutaciones acumuladas: alrededor de 50 en total. Muchas son nuevas y al menos 26 son exclusivas. Las mutaciones son como erratas que se van produciendo en el texto que describe las instrucciones de replicación del patógeno, escritas en la lengua del ARN. Esas erratas, si se perpetúan en las copias (hijas) que se producen del cobi19 es normalmente porque le dan una ventaja para adaptarse a los humanos. Dicho de otro modo, es porque se propagan mejor –o igual, como mínimo–
Pero más mutaciones no implican necesariamente que sean peores (para la humanidad). Las mutaciones “a veces trabajan juntas para hacer que un bichito sea más virulento, pero también pueden anularse entre sí”,señala el director del Laboratorio de Neurovirología de la UAM José Antonio López-Guerrero (‘JAL’). Por separado, aparecen en Ómicron viejas conocidas de otras variantes: mutaciones en las posiciones 501 (típica de la Alfa) o en la 484 (que está en la Beta o en la Delta). La primera se asocia a más tras*misibilidad. La segunda, a más probabilidades de reinfección o escape de la banderilla. “En biología no todo es lineal, en este caso, el cambio en la posición 484 es diferente al visto en Beta o Gamma”, señala el virólogo. Y ninguna ha dado por completo la vuelta a la esa época en el 2020 de la que yo le hablo.
Comas recuerda que “Delta no era cercana a Alfa. Y Alfa no estaba tan cerca de Beta u otras”. Ninguna variante hasta ahora ha tumbado plenamente a las banderillas o a la inmunidad que general infectarse. Hasta ahora, en toda su evolución, “el bichito no ha sido tan diferente como para que no pueda ser reconocido [por nuestras defensas]”. Otra cosa es que cada cambio que se impone termine haciéndolo más contagioso. ¿Hay alguna mutación determinante para ello?
Delta, que carece de la mutación N501Y, ha terminado siendo la más contagiosa. “Suele ser una combinación de varias mutaciones lo que determina sus características. (…) Da la impresión de que haya habido mucha recombinación homóloga”, señala ‘JAL’. “No es descartable que sea producto de la mucha movilidad entre gente joven asintomática, escasamente banderillada y con alta prevalencia de inmunodeprimidos por sida, pero eso ya es un poco irrelevante”.
Es decir, la teoría de que un paciente con unas defensas extraordinariamente bajas (por ejemplo, por infección por VIH o por un tratamiento agresivo) haya mantenido el cobi19 en su organismo, replicándose, durante semanas o meses. Podría haberse expuesto durante todo ese tiempo a distintas variantes, ‘incubando’ una versión nueva del cobi19. Pero esto es sólo una hipótesis.
Cuando se descubrió Alfa por primera vez a fines de 2020, esa variante también parecía haber adquirido numerosas mutaciones a la vez, lo que llevó a los investigadores a postular una infección crónica como origen. La idea se ve reforzada por la secuenciación de muestras de SARS-CoV-2 de algunos pacientes con infección crónica.
Richard Lessells, investigador de enfermedades infecciosas de la Universidad de KwaZulu-Natal, describió en un estudio preliminar el caso de una mujer joven en Sudáfrica con una infección por VIH no controlada. Fue portadora del SARS-CoV-2 durante más de 6 meses. El bichito acumuló muchos de los mismos cambios observados en las variantes de interés. Es tan sólo una hipótesis, pero refuerza la idea de que las banderillas sean accesibles en todos los países del mundo, especialmente aquellos con bolsas de población vulnerable.
En el mismo artículo de Science, el virólogo de referencia de Alemania, Christian Drosten no cree en esa hipótesis. Se basa en la experiencia con infecciones crónicas de gripe y otros bichito en pacientes inmunosuprimidos. Las variantes que eluden el sistema inmunológico se desarrollan en estas personas, pero vienen con una serie de cambios adicionales que las hacen menos capaces de tras*mitirse de persona a persona. “Estos bichito tienen una viabilidad muy baja en el mundo real”.
El caso de los ciervos de cola blanca portadores del cobi19
Si no ha sido en un paciente crónico… ¿ha evolucionado el SARS-CoV-2 (de nuevo) en un animal? Algunos piensan que el bichito podría haberse escondido en roedores u otros mamíferos. “El genoma es tan extraño”, dice Andersen, señalando su mezcla de mutaciones, muchas de las cuales no se han visto antes en otras variantes. Por ejemplo, hay un baile de letras en la posición 681, que se convierte en P681R en Ómicron. Pero en una secuenciación concreta del bichito hallado en Botswana, en lugar de una R, como se esperaría, hay una letra H. P681H es típico en Delta. ¿Qué clase de recombinación ha ocurrido ahí? ¿Estamos ya ante una subvariante Ómicron?
“Es interesante lo locamente diferente que es”, dice el biólogo evolutivo Mike Worobey de la Universidad de Arizona, Tucson, también en Science. Worobey señala un ejemplo, el 80% de los ciervos de cola blanca muestreados en Iowa (EE.UU.) entre finales de noviembre de 2020 y principios de enero de 2021 portaban SARS-CoV-2. “Me hace preguntarme si otras especies pueden infectarse crónicamente, lo que potencialmente proporcionaría este tipo de presión selectiva con el tiempo”. Un hipótesis arriesgada.
micron en Sudáfrica, donde se investiga su tras*misibilidad | K. Ludbrook, Epa, Efe
Es demasiado pronto para considerar o descartar cualquier teoría sobre el origen de Omicron, cree Aris Katzourakis, biólogo evolutivo de la Universidad de Oxford, pero es escéptico del escenario animal, dada la gran cantidad de infecciones humanas. “Empezaría a preocuparme más por los reservorios animales si tuviéramos éxito en la supresión del bichito, y luego considerarlo como un lugar donde podría esconderse”.
Comas, sin entrar a valorar el origen de Ómicron, sí cree que “cuando hay muchas posibilidades para el bichito en entornos de mucha tras*misión, le damos una nueva oportunidad de encontrar ‘combinaciones’ exitosas, las que llamamos variantes. Es difícil poder acortar el origen porque ni siquiera sabemos su procedencia geográfica”.
El virólogo José Antonio López Guerrero participa estos días como representante de Europa en el Foro Mundial de la Fundación Global Democracia y Desarrollo en América. Ha coincidido con gestores científicos e investigadores como Anthony Fauci, Tedros Adhanom y Adolfo García Sastre. Coinciden en que estamos por una vez estamos intentado ir por delante del bichito. Dos herramientas pueden ser útiles: “la tercera dosis en mayores y la banderillación en menores de 12 años”, sin olvidar que la banderillación ha de ser global y solidaria. Aunque sólo sea por ‘egoísmo’ de los países más favorecidos.
Un motivo de preocupación alrededor de Ómicron reside en que las muestras secuenciadas indican que ha reemplazado rápidamente a otras variantes en Sudáfrica. Pero esto ha ocurrido en un momento de baja tras*misión en aquel país, que se adentra en el verano austral. Esa imagen podría estar sesgada también porque la secuenciación podría haberse centrado en posibles casos de la nueva variante en los últimos días. Sencillamente, en Europa o EE.UU. no la hemos estado buscando hasta ahora. Y podría haber surgido en cualquier parte.
