En 1963, un año antes de la polémica de Signo, el jesuita belga Padre Boone publicó, con el seudónimo de Hans de Vriese, una serie de tres artículos en el semanario "De Linie", lo cual le valió una agria respuesta por parte de socios del Opus Dei como José Luis Soria y el especialista en cuestiones de defensa, John F. Coverdale. La polémica no era un hecho aislado y los ataques por parte de la Compañía de Jesús contra el Opus Dei se han repetido con alguna intermitencia. En la polémica de Signo, por ejemplo, jesuitas habían participado directamente (José María de Llanos) o de manera anónima (Andrés M. Axpe). Ninguna orden o congregación religiosa ha mantenido una relación tan hostil y continuada como los jesuitas cara al Opus Dei.
Vicente M. Encinas, en un artículo en el que sigue los clásicos argumentos apologéticos de la Obra de Dios, señala sin embargo que:
"[...] se habla hoy también cierto enfrentamiento entre el Opus Dei y el resto del mundo clerical, y en especial con respecto a los jesuitas. Es cierto que los ataques contra el Opus Dei vienen a veces de los Padres de la Compañía y de los que pertenecieron a ella. Por otra parte son también numerosos los testimonios favorables provenientes de los jesuitas. Se ha pretendido ver una cierta lucha entre las dos Instituciones por la conquista del campo Intelectual [...] Creemos y opinamos que la lucha aparente entre las dos instituciones no es pugna entre institución e institución, ya que las instituciones de la Iglesia están por encima de toda disputa. Si hay oposición es entre elementos singulares y particulares de ambas partes"
La rivalidad entre miembros de la Compañía de Jesús y el Opus Dei no es un simple asunto entre miembros de ambas organizaciones católicas. A nivel global de organización, la causa de tan agresiva competencia se debe fundamentalmente a los puntos comunes entre los aparatos, campo de acción y estructuras de apostolado. Parece como si el Opus Dei hubiera aprovechado la experiencia acumulada por la Compañía de Jesús tras cuatro siglos de existencia. Admitida esta hipótesis, se podría afirmar que el Opus Dei ha tomado el relevo de la Compañía de Jesús en la segunda mitad del siglo XX.
Ya en tiempos de la postguerra civil española, el Padre Vergés, miembro influyente de la Compañía de Jesús en Cataluña, mantuvo algunas escaramuzas con los socios del Opus Dei en Cataluña. Cuenta Artigues que el Padre Vergés no tardó en tener altercados con el Opus Dei y denunció como "traidores" los miembros de las Congregaciones Marianas que habían adherido a la Obra. Esta no tardó en responder, y los jesuitas pudieran comprobar que el Opus Dei, movimiento todavía muy modesto y cuya situación material era por entonces difícil, representaba para ellos un terrible concurrente. Desde este momento, adoptaron una actitud crítica respecto a la Obra, actitud que apenas se ha desmentido después. Comenzaron a circular rumores a los que, verosímilmente, la Compañía no era ajena. Se censuraba ya el carácter secreto del Opus Dei se le acusaba de prácticas más o menos heterodoxas se afirmaba, por ejemplo, que sus miembros se negaban a tener cruces sobre las que figurase una imagen de Cristo"
Al fin del curso académico 1963-1964, concretamente en el verano de 1964, dos jesuitas que realizaban estudios de periodismo fueron expulsados de la Universidad de Navarra. La Universidad no hizo declaración pública alguna, pero Ángel Benito Jaén, director de la Escuela de Periodismo y socio numerario del Opus Dei, dejó entender privadamente que los dos jesuitas, especialmente uno de ellos apellidado Moreno Lara, habían calumniado gravemente al Opus Dei. La "calumnia" consistió en insinuar entre los estudiantes de la Universidad la posible existencia de un "monitum" secreto proveniente de la Santa Sede.
Con el "monitum", según los jesuitas expulsados, el papa Pablo VI -que había lanzado previamente un ultimátum al Opus Dei para que escogiese entre seguir siendo Instituto secular de la Iglesia y los negocios-, privaba al Opus Dei del privilegio que se le había concedido con el estatuto jurídico de los Institutos seculares.
La existencia del "monitum" no está probada e incluso el contenido denotaba una ausencia de los más elementales principios con que se rige la burocracia vaticana. La disyuntiva, si la hubo, estaba evidentemente falseada. Meses más tarde, la revista "¿Qué pasa?", que había recogido el rumor en el número del 8 de abril de 1965, fue formalmente desmentida por medio de una carta de Javier Ayesta, de la Secretaria del Opus Dei en España donde señalaba, entre otros puntos, que, el Opus Dei no ha recibido jamás ningún "monitum" de la Santa Sede" y que "se ha explicado hasta la saciedad que el Opus Dei continúa siendo "de jure" un Instituto secular".
De fuentes bien informadas, se conoce asimismo la borrascosa entrevista que tuvieron en aquel tiempo Urteaga, vicerrector del Convictorio Sacerdotal de San Miguel en Madrid, y el provincial de los jesuitas de Castilla que se negó rotundamente a entregar la copia de las constituciones del Opus Dei que éste poseía. Durante la entrevista, Urteaga pasó del ruego diplomático a la amenaza descarada, manteniéndose el jesuita firme en su actitud. El Opus Dei no ha hecho luego ningún otro intento para rescatar tan importante documento.
Yvon Le Vaillant relató sucintamente, en "Le Nouvel Observateur", el proceso de las relaciones y la evolución del Opus Dei con respecto a los jesuitas:
"Al principio la Compañía observó con sonrisa indulgente esa evolución: los jesuitas disfrutan de una inteligencia más fina, de una "espiritualidad" más profunda que los ambiciosos neófitos del Opus. Pero pronto esa sonrisa comenzó a helarse, y más tarde se tras*formó en mueca. El Opus, en efecto, empezó a cortejar a una clientela tradicionalmente reservada a la Compañía: la alta burguesía. Se desencadenó la competencia en el mercado de las almas de élite. Y como cada vez el Opus lanza sus redes con más eficacia, los recelos se multiplican, y también las escaramuzas [...] Cuando el Padre Arrupe fue nombrado general de los jesuitas, procuró durante el concilio, visitar en Roma a monseñor [Escrivá] de Balaguer, con vistas a lograr un acuerdo. El Padre Arrupe solicitó una entrevista. Monseñor [Escrivá] de Balaguer anduvo con rodeos, pero finalmente se realizó el encuentro: monseñor vino a almorzar con algunos amigos a la del jesuita. Pero el almuerzo terminó mal. Rehuyendo la discusión, Escrivá de Balaguer se puso a gritar: "¿Pero por qué la Compañía nos persigue?" Desde ese día el Padre Arrupe piensa que el caso de monseñor se inscribe pura y simplemente en el reino del psicoanálisis."
La cuestión quedó zanjada con la audiencia que Pablo VI concedió al fundador del Opus Dei en octubre de 1964. Pablo VI entregó entonces a Escrivá un cáliz de marfil y metales preciosos como regalo y una carta manuscrita quirógrafo, según la jerga vaticana- donde el Papa se erigía en árbitro absoluto de la contienda, reconociendo las aportaciones del Opus Dei y considerándolas, al mismo tiempo, como una inyección de vitalidad para la Santa progenitora Iglesia. He aquí uno de los párrafos más importantes del quirógrafo de Pablo VI:
"Colocados por la voluntad del Señor al timón de la nave de Pedro, desde la que escrutamos con vigilante solicitud los signos anticipadores de los tiempos, el ansia de las almas que esperan la llegada de los operarios del Señor, las necesidades antiguas y siempre renovadas que entraña la difusión del Evangelio de Cristo, consideramos con paterna satisfacción cuanto el Opus Dei ha realizado y realiza por el Reino de Dios el deseo de hacer bien, que lo guía; el ferviente amor a la Iglesia y a su Cabeza visible, que lo distingue; el celo ardiente por las almas, que lo empuja hacia los arduos y difíciles caminos del apostolado de presencia y de testimonio en todos los sectores de la vida contemporánea."
Para algunos observadores, la Obra de Dios ha ganado por puntos el match a la Compañía de Jesús.
El ejemplo más evidente ocurrió en el País Vasco hace algunos años: José Luis de Oriol Urquijo, marqués de Casa Oriol, donó a la Compañía de Jesús una gran casa de campo en Izarra (Alava), la cual fue vendida más tarde al Opus Dei por los jesuitas.
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