El nombre Rioja se utilizaba para designar una comarca y que el término se refiere a una demarcación civil o eclesiástica de la comarca comprendida entre el río Oja y el río Tirón, colindante con los Montes de Oca, con límite al oeste en la localidad de Belorado, lugar de asentamiento de poblaciones como Espinosa del Monte de Rioja, Viloria de Rioja, Quintanilla del Monte en Rioja (actualmente pertenecientes a la comarca denominada La Riojilla Burgalesa en la provincia de Burgos), Quintanar de Rioja.
La primera mención documentada aparece en el Fuero de Miranda, concedido por el monarca Alfonso VI en 1099, donde aparece comoRioga y Riogam, o escrito como Rioxa y Rioxam, pronunciándose como Rioja y Riojam. Para Tomás Ramírez el nombre habría sido dado a la zona en época anterior a estas menciones. Así, se habla de ‘Riu doca’ o ‘ribodeoja’ y ‘rioga’. Todo ello hace suponer que en los documentos medievales conocen perfectamente la pequeña región entre la Glera y Belorado, pero no conocen la palabra latina para designarla. Consecuentemente, como se hace hoy, la búsqueda etimológica y la traducción conduce a ‘Rioga’ como ‘rivus de ogga’ o ‘río-oja’.
Según esto, en esa época se entendería por Rioja las tierras comprendidas entre Belorado al oeste y Briones al este, que son las cuencas de los ríos Oja y Tirón. El término Rioja se extendió hasta límites que tradicionalmente no lo eran, en mayor medida gracias a la labor de un santo nacido en Viloria de Rioja (justo en el territorio estudiado), Domingo García, conocido por todos como Santo Domingo de la Calzada, que abrió caminos y fundó hospitales.