Simplificando:
El misíl balístico es un cohete que tiene una trayectoria suborbital, o sea que sale de la atmosfera y vuelve a entrar para alcanzar el objetivo.
O sea en vulgar paladino que "vuela alto" y su velocidad es supersónica.
El misíl crucero vuela bajo, pegado al terreno, tiene alas como un avión, aunque generalmente mas pequeñas, y es más parecido a un avión que a un cohete. Su velocidad es muy inferior a la del misíl balístico.
La diferencia de velocidad y altura de vuelo determina la capacidad de detección y respuesta, el sistema de armas defensivas a emplear es diferente en cada caso.
Ignoro si es la respuesta que demandabas, un saludo.