El 7 de octubre de 1939, Hitler nombró a Heinrich Himmler como su comisionado de asentamientos, responsable por todas las medidas de colonización en el Altreich y los territorios anexionados, así como del intercambio de población con la Unión Soviética.27 Para esta nueva oficina, Himmler eligió el título de Reichskommissar für die Festigung deutschen Volkstums (RKF, "Comisionado del Reich para la consolidación de la nación alemana").28 El personal del RKF (Stabshauptamt RKF) a través del Hauptamt Volksdeutsche Mittelstelle (VOMI) y del Rasse-und Siedlungs-Hauptamt (RuSHA, Departamento Central de Raza y Asentamiento) de las SS planificaron y ejecutar durante la guerra el proceso de reasentamiento y exterminio en los territorios anexionados.29 En octubre de 1939, Himmler ordenó la expulsión inmediata de todos los judíos de los territorios anexionados, de todos los "Polacos del Congreso" del Reichsgau Danzig-Prusia Occidental, y de todos los "enemigos del Reich" de Warthegau, Prusia Oriental y la Alta Silesia Oriental.29 El término «enemigos del Reich» fue aplicado a todos los polacos con educación superior, que hubieran participado en cualquier organización o iniciativa patriota en la preguerra y, generalmente, a quienes manifestaban patriotismo polaco. Aquellos expulsados debían ser deportados al Gobierno General.29
Esta directiva fue sobreseída por otra directiva del RKF de inicios de 1940,29 la cual ordenaba la expulsión inmediata de los judíos restantes y el remplazo de los 3,4 millones de polacos por colonos alemanes a largo plazo.23 El primer paso para alcanzar este escenario fue el asentamiento de 100.000 familias alemanes en los primeros tres años. En esta fase preliminar, los planificadores creían que los colonos sería reubicados al Altreich.23 Los polacos de «valor racial» debían estar exentos de deportación, así como los alemanes étnicos.30 Himmler dijo que quería «crear una provincia rubia ahí».30 La Oficina Central de inmi gración (Einwandererzentralstelle, EWZ) y la Oficina Central de Reasentamiento (Umwandererzentralstelle, UWZ) de la RuSHA en las SS eran las responsables de la «evaluación racial».30 Los territorios anexionados debían ser germanizados en un período de 5 años en las áreas rurales y de 10 años en las áreas urbanas;31 mientras que el Gobierno General debía estar completamente germanizado en 15 años.32
En la práctica, el cambio de población durante la guerra en los territorios anexionados no llegó a la extensión planeada, sea respecto a la cantidad de polacos expulsados y los alemanes reasentados o con respecto al origen de los colonos alemanes que provenían de la Unión Soviética.33 Los planes para reubicar a los alemanes del Tercer Reich fueron mantenidos en el Generalplan Ost, pero fueron pospuestos para después de la guerra.33 Esta plan suponía la eliminación de todos los judíos y, a largo plazo, la deportación de inicialmente 31 millones, luego 51 millones, de eslavos a Siberia de una gran área designada para la colonización alemana.34 La «remoción» de polacos consistía en acciones tales como limpieza étnica, ejecuciones masivas, hambruna organizada y erradicación de grupos nacionales para dispersarlos en bolsones aislados y utilizar a sus miembros como mano de obra forzada.35 Alrededor de 350.000 alemanes étnicos fueron reubicados en Polonia después de que la propaganda nancy los persuadiera de abandonar los Estados bálticos antes de su captura por la Unión Soviética.36
Además, se esperaba que otros colonos germánicos, tales como los holandeses, daneses y suecos, se asentaran en estas zonas. Una pequeña colonia de artesanos holandeses ya estaba establecida en Poznań en 1941.37