La clave está en el Titulo constitutivo de esas Comunidades (que entre las dos forman la Mancomunidad, aunque no llamen ahí así).
Si establecen propiedad y mantenimiento compartido entre ellas, pues eso es lo que hay, al 50 % cada Comunidad, con independencia de que en una haya 10 plantas y otra 3 de edificio.
Luego, ese 50 % cada Comunidad lo reparte como tenga establecido en sus Estatutos.
Bien a partes iguales entre vecinos, bien por coeficiente. Lo general es que sea por coeficiente, pero hay algunas Comunidades que aprobaron pagar estas cosas a partes iguales.
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En resumen, que empieces por el Título Constitutivo de los edificios, porque esa es la clave "si alguien se pone orate" y lo quiere pagar como no es.
De todos modos, el asunto, aunque debería ser sencillo, a veces se complica.
Por ejemplo, porque, aunque se deba pagar así como digo, cuando hubo otro problema similar hace 17 años, se resolvió de la otra forma, y eso se acordó en una Junta de vecinos y se aprobó por todos. Y claro, te vas a las Actas de ambas Comunidades y si acordaron resolver el problema de otro modo diferente al Titulo Constitutivo... eso es lo que hay.
Las Comunidades son fáciles de llevar legalmente (a la gruesa), porque la norma es muy breve, pero luego hay mil detallitos tras cada cosa (y eso da lugar a miles de pleitos cada año en toda España por esos detallitos).