Vamos a ver, un matiz: Mendizábal no destruyó nada. Que haya patrimonio histórico que se haya perdido por el abandono de esas propiedades a partir de su desamortización, no significa que los liberales de Mendizábal se hubieran dedicado a quemar monasterios y conventos como si fueran las hordas visigodas, las tropas de Napoleón, o los anarquistas de los años 30.
En el caso que señalas de San Pedro de Arlanza, cuando el monasterio fue desamortizado la Iglesia se llevó de allí todo lo que no estuviera clavado al suelo, incluyendo los sepulcros de Fernán González y compañía, que se trasladaron a la colegiata de Covarrubias. Cosa que me parece lógica y normal para garantizar su conservación, pero es patrimonio que no se destruyó, solo se trasladó. Otras partes del monasterio, como la portada de la Iglesia y los frescos, fueron trasladados posteriormente a museos. Otra cosa es que todo el patrimonio no se trasladara o se pudiera trasladar y decayera con el tiempo por falta de interés en su conservación, o que hubiera sido mas conveniente que el patrimonio expoliado trasladado se hubiera quedado en su sitio.
Por otra parte, casi todo el terreno desamortizado lo compraron los aristócratas, que tuvieron generalmente escaso interés por su conservación. Y la supresión de las órdenes religiosas por Mendizábal en 1836-37 fue revocada en 1851 y la Iglesia empezó a recuperar monasterios y conventos masivamente.
Respecto a las bibliotecas, se las llevaron de los monasterios a otro sitio, no desaparecieron porque hubiera quemas masivas de libros en plan peli de Indiana Jones:
(Aprovecho para poner la escena, aunque no tenga nada que ver con el tema del hilo, para cumplir con el deber patriótico de que no haya ningún hilo del subforo de Historia en el que no se hable de Hitler y de los nazis, y porque me mola la musiquilla de la marcha de la escena)
Lo que si destruyó muchas bibliotecas y archivos eclesiásticos fueron las orgías de los gente de izquierdas durante la II República y la Guerra Civil. Esa si que ha sido una pérdida irreparable que es hoy muy lamentada por la comunidad historiográfica (aunque con la boca pequeña porque todos sabemos quien manda).
Todo lo cual no quita que, efectivamente, la cultura de conservación de patrimonio en España durante el siglo XIX y buena parte del XX fue bastante frutapénica.
