En 1005, ordenó la matanza de todos los perros de Egipto y los desechó en el desierto. También forzó a los habitantes de El Cairo a trabajar de noche y dormir de día, y castigaron a quien fuera sorprendido abusando sus órdenes. En 1014 ordenó a las muyeres no salir a la calle,1 y a los zapateros no hacer zapatos de muyer. Mató a su tutor Abu ul-Qásim Saíd ibn Saíd al-Fariqi y a la gran mayoría de sus visires. La mayor parte de esos visires eran cristianos. Algunos de ellos sirvieron como médicos también. Al-Hákim también mató a muchos altos funcionarios, así como a los humildes. Estos incluyen los visires, jueces, poetas, médicos, encargados del palacio, cocineros, primos, soldados, judíos, cristianos, e incluso cortaban las manos de esclavas en su palacio. En algunos casos, él mismo hacía la matanza. El 18 de octubre de 1009, destruyó la iglesia del Santo Sepulcro2 en Jerusalén, entonces bajo control fatimí. La iglesia fue reconstruida más adelante por su sucesor con ayuda del Imperio Bizantino. Hizo que los cristianos y los judíos usaran un sombrero zaino. Hizo que los cristianos usaran las cruces de madera alrededor del cuello. Ordenó a los judíos que llevaran un becerro de madera que colgaba alrededor del cuello, para recordarles el pecado del becerro de oro.
