No se las quitaron. Japón, como muchos otros países, tiene varias banderas. La bandera rayada es la de las Fuerzas Armadas. En la guerra se la veía más, evidentemente. Pero en la guerra, los civiles seguían usando la "blanca".
Le pongo el ejemplo de que no verá usted un navío de la Royal Navy enarbolando una Union Jack. La bandera de la Marina Real Británica es otra. Tampoco verá una Union Jack ondeando sobre el Palacio de Buckingham.
Edito: bueno, un navío de la Navy sí puede enarbolar una Union Jack, pero lo que le identifica como navío real es la White Ensign. La otra la usarán sólo en aguas extranjeras para facilitar su identificación.
El estandarte que ondea en el Palacio de Buckingham (y en cualquier otra residencia real) sólo cuando está en él el (o la) monarca:
De hecho, este estandarte y la Union Jack ocupan un papel destacado en la película "The Queen" que tuvo mucho éxito hace unos años.
